制藥廠的污染不亞于印染行業。其水質比較復雜，污水中含有有毒有害難以降解的有機物質。如果說直接排放的話，將直接影響環境。制藥廠廢水的水質一般應設調節池，調節水質水量以及pH，然后再選用陽離子聚丙烯酰胺進行污泥脫水，且根據實際情況處理，以降低水中的SS、鹽度及部分COD，減少廢水中的生物抑制性物質，并提高廢水的可降解性，以利于廢水的后續生化處理。

制藥工業廢水主要包括抗生素生產廢水、合成藥物生產廢水、中成藥生產廢水以及各類制劑生產過程的洗滌水和沖洗廢水四大類。其廢水的特點是成分復雜、有機物含量高、毒性大、色度深和含鹽量高，特別是生化性很差，且間歇排放，屬難處理的工業廢水。隨著我國醫藥工業的發展，制藥廢水已逐漸成為重要的污染源之一，如何處理該類廢水是當今環境保護的一個難題。

生物制藥廢水的特點是高濃度的有機物，COD、BOD值波動較大，廢水的BOD/COD值差異大，濃度高，色度深，SS高。化學制藥廢水的特點是COD高，含鹽量高PH值變化大，廢水中成分單一不利于微生物成長，含有有毒及不易降解的物質。因為制藥廢水的成分過于復雜，其處理方法很多種，首次接觸的情況下還是要多做小試來確定選用的絮凝劑型號。

陽離子聚丙烯酰胺具有多種活潑的基團， 可與許多物質親和、吸附形成氫鍵。主要是絮凝帶負電荷的膠體，具有除濁、脫色、吸附、粘合等功能， 適用于染色、造紙、食品、建筑、冶金、選礦、煤粉、油田、水產加工與發酵等行業有機膠體含量較高的廢水處理，特別適用于城市污水、城市污泥、造紙污泥及其它工業污泥的脫水處理。