第一，工業廢水處理技術特別復雜。處理工藝的選擇需要考慮多個方面，包括污染企業的生產工藝。工業廢水處理工藝復雜，一些企業投資不足，無法妥善處理；一些企業已經投入了足夠的資金，但由于后期管理不善，水量達不到標準，無法達到預期效果。

第二，工業廢水處理技術水平有限。從目前掌握的技術水平來看，我國許多工業廢水處理理論上無法達到標準。

第三，中國的經濟還不太發達，不僅廢水難以處理，而且對經濟貢獻巨大的高產量污染企業也將繼續存在。就制藥行業而言，中國許多制藥廠都是初級制藥公司，有大量的污染生產。

第四，工業園區污水處理問題。工業園區的初衷是集中處理工業廢水，但在現實中，它產生了新的問題。

第五，“負面影響”問題。一些污染企業不想在廢水處理上投入太多資金，逐利企業仍有這種觀念。他們認為，工業廢水的處理除了滿足環保部門的檢查以避免處罰外，沒有任何好處，反而增加了成本。

第六，市場混亂問題。承擔工業廢水處理項目的污染治理企業“環保公司”可謂魚龍混雜。因此，行業內形成了惡性競爭，導致一些曾經致力于工業廢水領域的公司在面臨機遇時轉型。

第七，規模效應問題。許多工業廢水處理項目訂單不足，與城市污水處理相比，難以形成規模效應和產生大型企業。盡管在這一領域有優秀的環保公司，但很難像市政污水處理企業那樣實現數百萬甚至數千萬噸的日處理規模。

第八，商業模式問題。每個環保公司都有獨特的生存方式，但主要模式仍然是“設計、采購、施工”，其他普遍適用的商業模式仍在探索中。

第九，零排放誤解。多年來，中國一直在實施工業廢水零排放處理，但在現實中，無法實現真正的零排放，目前中國也沒有完美的零排放案例。

第十，排放標準執行困難和監管松懈。缺乏嚴格監管、“一刀切”、脫離實際是一些行業難以執行排放標準的主要原因，工業廢水處理行業也面臨類似問題。